知网查重是指利用知网平台提供的查重功能进行文献查重，主要针对学术论文、期刊文章等进行查重比对，帮助作者排查抄袭和重复引用问题。而自建库则是指用户自行建立的文献数据库，可以将自己的文献资料整理归档在其中，方便管理和检索。区别在于知网查重是用于查找文献的重复部分，而自建库是用于个人或机构文献管理的工具。

在使用上，知网查重需要用户上传待查重的文献，系统会对文献进行比对分析，给出查重报告；而自建库则需要用户自行建立数据库，可以根据需求添加文献、标签、分类等信息，方便检索和管理。在实际操作中，用户可以先利用知网查重排查文献的原创性，再将符合要求的文献整理到自建库中，以便日后的查阅和利用。